Des comités de programme assistent les directeurs des programmes intéressant plusieurs départements. Le directeur général du centre fixe leur composition ; ils comprennent une majorité de représentants des sections du Comité national de la recherche scientifique concernées par le domaine d'activité du programme.

Ils comprennent des personnalités étrangères, dont la moitié au moins exerçant leur activité dans des pays de l'Union européenne autres que la France.