Dans tous les comités, un secrétariat permanent est assuré par l'un des agents qui y représentent l'Administration. Un représentant du personnel est désigné par le comité en son sein pour assurer les fonctions de secrétaire adjoint.
Pour l'exécution des tâches matérielles, le secrétaire du comité peut être aidé par un fonctionnaire qui assiste aux séances. Après chacune d'elles, un procès-verbal est établi. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis dans le délai de quinze jours aux membres du comité. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres du comité technique paritaire lors de la séance suivante.