Le secrétariat du conseil est assuré par les services du ministre chargé de la recherche. Un secrétariat général est institué à cette fin au sein de ces services. Les responsables des services concernés assistent avec voix consultative aux séances du conseil.
En outre le président du conseil peut également appeler à participer aux séances, avec voix consultative, toute personne dont il juge la présence utile.