La commission se réunit, au moins une fois par mois, sur convocation de son président. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.

La commission dispose d'un secrétariat permanent dirigé par une secrétaire et un secrétaire adjoint désignés par le préfet sur proposition conjointe de l'inspecteur d'académie et du directeur de l'action sanitaire et sociale et choisis parmi les agents des services dépendant de ceux-ci.