Le centre est soumis au contrôle économique et financier défini par le décret du 26 mai 1955 susvisé. Un contrôleur d'Etat placé sous l'autorité du ministre de l'économie et des finances assure le contrôle de l'établissement.

Un commissaire du Gouvernement, suppléé en cas d'empêchement par un commissaire adjoint et nommé par le ministre de l'agriculture, est placé auprès de l'établissement.
Le commissaire du Gouvernement assiste aux réunions du conseil d'administration. Il reçoit les convocations, ordres du jour, procès-verbaux et tous autres documents adressés aux membres du conseil.
Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives, et procéder ou faire procéder à toutes vérifications.
Il dispose d'un droit de veto à l'égard des décisions du conseil d'administration affectant l'organisation générale du centre, la gestion financière et les programmes. Il exerce ce droit dans les dix jours qui suivent soit la réunion, s'il y a assisté, soit la réception du procès-verbal de la séance.
Le veto du commissaire du Gouvernement a un caractère suspensif et a effet jusqu'à ce que le ministre de tutelle se soit prononcé. A défaut de décision expresse du ministre dans un délai d'un mois, la décision devient exécutoire.

Le conseil d'administration et le comité des mutations professionnelles, le directeur général du centre et l'agent comptable devront avoir été nommés avant le 1er janvier 1967, date à laquelle le centre entrera en fonction.
Des arrêtés du ministre de l'agriculture fixeront, au fur et à mesure que le centre sera à même d'exercer ses attributions, les dates auxquelles il prendra en charge les différentes actions définies au second alinéa de l'article 2 du présent décret. La prise en charge de l'ensemble de ces actions devra être intervenue avant le 30 juin 1967.
Il devra avoir été mis fin, avant le 30 juin 1967, aux missions confiées à l'association nationale pour les mutations professionnelles en agriculture, à l'association nationale de migration et d'établissements ruraux et aux syndicats de migrations rurales.
La mention du Centre national pour l'aménagement des structures agricoles est substituée à celle des associations précitées et de la fédération nationale de migration et d'établissements ruraux dans tous les textes attribuant à ces organismes une compétence particulière ou le droit d'être représentés dans des conseils et commissions. Il en est ainsi notamment dans le décret n° 62-249 du 8 mars 1962 relatif à l'installation, comme chefs d'exploitations agricoles, des travailleurs agricoles bénéficiant de la promotion sociale (art. 3), dans le décret n° 63-353 du 6 mai 1963 portant application de l'article 27 de la loi du 8 août 1962 complémentaire à la loi d'orientation agricole et concernant les migrations rurales (art. 2 et 4), dans le décret n° 64-862 du 3 août 1964 portant décret et relatif à la réorganisation de certains conseils et commissions du ministère de l'agriculture, dans le décret n° 65-581 du 15 juillet 1965 portant application de l'article 27 de la loi du 8 août 1962 précitée concernant les mutations d'exploitation favorisant l'aménagement foncier ou l'installation de jeunes agriculteurs.
Les personnes nommées dans des conseils et comités en qualité de représentants d'organismes chargés des missions dorénavant dévolues au centre demeurent provisoirement en fonctions jusqu'à l'expiration de leur mandat, sauf décision contraire du ministre de l'agriculture.