Voies navigables de France suit les questions intéressant la navigation sur les voies d'eau soumises à un régime international. Il peut être chargé d'assurer, pour le compte de l'Etat, le contrôle des flottes françaises circulant sur ces voies et de veiller à l'observation par leurs exploitants des servitudes d'intérêt national qui leur ont été imposées.

Il peut être chargé de participer ou peut être associé aux négociations intéressant la navigation sur les fleuves et canaux situés en territoire français ou soumis à un régime international.

Il peut être chargé de l'organisation du financement de la réception et de l'élimination des déchets survenant lors de la navigation conformément aux conventions internationales intervenant en la matière. Le cas échéant, il perçoit à cette fin toute redevance instituée en application de ces dispositions et peut participer à la péréquation financière internationale qui viendrait à être établie dans ce cadre.