Le conseil d'administration de la fédération élit son bureau ; l'élection du président et celle du trésorier sont respectivement soumises à l'agrément du ministre de l'Agriculture et à celui du préfet.
L'agrément peut être retiré par les mêmes autorités, après avis du conseil d'administration du Conseil supérieur de la pêche.
Le mandat des membres des conseils d'administration des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture commence au début du troisième mois de jouissance des baux de pêche consentis par l'Etat sur le domaine public et se termine à la fin du deuxième mois suivant l'expiration de ces mêmes baux.
En cas de cessation des fonctions d'un membre du conseil d'administration ou de retrait de l'agrément donné à l'élection du président ou du trésorier, survenant plus de six mois avant l'expiration des baux de pêche consentis par l'Etat sur le domaine public, il est procédé dans les mêmes formes au remplacement de l'intéressé ; le mandat du membre ainsi élu expire à la fin des baux en cours.