La présidence du conseil médical est assurée par un médecin désigné par le vice-président du Conseil d'Etat parmi les médecins titulaires.
Le conseil médical dispose d'un secrétariat placé sous l'autorité de son président.
Le vice-président du Conseil d'Etat peut mettre fin aux fonctions du praticien qui s'abstiendrait de façon répétée et sans raison valable de participer aux travaux du conseil, ou qui, pour tout autre motif grave, ne pourrait conserver la qualité de membre du conseil médical.