Le Muséum national d'histoire naturelle est administré par un conseil d'administration, présidé par le président du Muséum, assisté d'un conseil scientifique.
Il est dirigé par le président du Muséum assisté de directeurs généraux délégués dont un directeur général délégué aux collections et un directeur général délégué chargé des ressources humaines et financières ainsi que de l'administration générale.

Le conseil d'administration du Muséum national d'histoire naturelle comprend, outre le président :
1° Cinq représentants de l'Etat, nommés respectivement par les ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'environnement, de la recherche, de la culture et du budget ;
2° Six personnalités qualifiées, n'appartenant pas au Muséum, nommées conjointement par les ministres de tutelle en raison de leurs compétences dans les domaines d'activité du Muséum, dont une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur, une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement scolaire, deux sur proposition du ministre chargé de l'environnement et deux sur proposition du ministre chargé de la recherche ;
3° Dix représentants des personnels, dont trois au titre de chacun des deux premiers collèges mentionnés à l'article R. 353-6 et quatre au titre du troisième collège ;
4° Un représentant des étudiants inscrits au Muséum.
Les membres mentionnés au 3° et au 4° sont élus dans les conditions définies à l'article L. 719-1 du code de l'éducation. Toutefois, le siège alloué au collège des usagers est pourvu au scrutin majoritaire à deux tours.
Pour chacun des membres mentionnés aux 1°, 3° et 4°, un suppléant est désigné dans les mêmes conditions.

La durée du mandat des membres du conseil d'administration est de quatre ans, à l'exception de celui des membres élus au titre du quatrième collège mentionné à l'article R. 353-6 qui est d'une durée de deux ans. Hormis les représentants de l'Etat mentionnés au 1° de l'article R. 353-4, nul ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
Les mandats prennent effet à la date de la première réunion du conseil d'administration. Les membres du conseil siègent valablement jusqu'à la désignation de leurs successeurs.
Le mandat des membres élus cesse de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été désignés.
Toute vacance par décès, démission, indisponibilité supérieure à un an, ou perte de la qualité au titre de laquelle les membres des conseils ont été désignés, donne lieu à remplacement pour la durée du mandat restant à courir, si cette vacance intervient plus de six mois avant l'expiration du mandat. Lorsqu'il s'agit d'un représentant élu, il est remplacé par son suppléant. Dans ce dernier cas ou lorsque le siège d'un suppléant devient vacant pour l'une des autres raisons prévues ci-dessus, le premier des candidats titulaires non élu de la même liste ou, après épuisement du nombre des candidats titulaires, le premier des candidats suppléants de la même liste lui succède comme suppléant.
S'il a été pourvu par élection partielle à la vacance d'un siège dans l'un des collèges des personnels, l'ensemble des représentants élus des personnels est renouvelé lorsque le mandat de l'un de ces représentants arrive à son terme normal.
Les fonctions de membre du conseil d'administration sont exercées à titre gratuit. Toutefois, les frais de déplacement et de séjour de ces membres sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Pour l'élection des membres mentionnés au 3° et au 4° de l'article R. 353-4, les électeurs sont répartis en quatre collèges :
1° Premier collège :
a) Les professeurs du Muséum national d'histoire naturelle ;
b) Les professeurs des universités et personnels assimilés ;
2° Deuxième collège :
a) Les maîtres de conférences du Muséum ;
b) Les maîtres de conférences des universités et personnels assimilés ;
c) Les conservateurs généraux et les conservateurs des bibliothèques, les conservateurs des musées d'histoire naturelle et d'établissements d'enseignement supérieur et les conservateurs généraux et conservateurs du patrimoine ;
d) Les autres personnels enseignants ;
3° Troisième collège : les personnels ingénieurs, administratifs, techniques, ouvriers, sociaux et de santé ;
4° Quatrième collège : les étudiants inscrits au Muséum.
Hormis le président du Muséum, sont électeurs, au titre des trois premiers collèges, les personnels qui occupent, à la date des élections, des emplois affectés au Muséum et ceux qui sont rémunérés sur le budget de l'établissement ou qui occupent dans l'établissement des fonctions permanentes depuis plus d'un an.
Tout électeur est éligible dans le seul collège auquel il appartient.
Le président du Muséum est chargé de l'organisation des opérations électorales. Il est assisté d'une commission dont la composition est déterminée par le règlement intérieur de l'établissement.

Le conseil d'administration délibère, sur proposition du président du Muséum, sur :
1° Les orientations générales du Muséum, son projet stratégique et le contrat pluriannuel d'établissement ;
2° L'organisation générale et le fonctionnement de l'établissement, et notamment la création et la suppression des directions générales déléguées, des structures opérationnelles ainsi que la création d'un service d'activités industrielles et commerciales pour la gestion des activités mentionnées aux articles L. 123-5 et L. 711-1 du code de l'éducation ;
3° La création ou la réforme des collections et la composition et les modalités de fonctionnement de la commission des acquisitions après avis du conseil scientifique ;
4° Le budget du Muséum et, le cas échéant, le ou les budgets annexes, leurs modifications, le compte financier et l'affectation des résultats ;
5° Le règlement intérieur du Muséum ;
6° Les modalités d'évaluation de l'établissement, de son activité et de ses agents ;
7° Les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ;
8° Les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles ;
9° Les baux et locations d'immeubles ;
10° L'aliénation de biens mobiliers ;
11° Les emprunts ;
12° L'acceptation de dons et legs et la création de fonds de dotation ;
13° Les modalités de tarification des prestations et services rendus par le Muséum ;
14° La création de fondations universitaires et partenariales, de filiales et les prises de participations financières ;
15° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
16° Les contrats et conventions ;
17° Le rapport annuel d'activité ;
18° Les actions en justice et les transactions ainsi que le recours à l'arbitrage en cas de litiges nés de l'exécution de contrats passés avec des organismes étrangers.
Le conseil d'administration peut créer en son sein des commissions chargées de lui faire rapport.
Dans les limites qu'il détermine, le conseil d'administration peut déléguer au président du Muséum tout ou partie des attributions mentionnées aux 8°, 9°, 10°, 12°, 13° 15°, 16° et 18°. Le président lui rend compte, lors de sa plus prochaine séance, des décisions qu'il a prises en vertu de ces délégations.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an, sur convocation du président du Muséum.
Dans le respect des dispositions des décrets n° 2010-1035 du 1er septembre 2010 relatif à la durée des mandats des dirigeants et au fonctionnement des organes de direction de certains des établissements publics de l'Etat et n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial, le règlement intérieur du Muséum précise notamment les règles de quorum, les modalités de délibérations du conseil et de représentation de ses membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour. Il définit la liste des personnes qui peuvent assister aux séances avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Lorsque le président du Muséum ne peut présider une séance du conseil d'administration, celui-ci élit en son sein un président de séance à la majorité des membres participant à la réunion.

Par dérogation aux dispositions de l'article R. 711-12 du code de l'éducation, les délibérations portant sur le budget du Muséum national d'histoire naturelle et ses modifications, le compte financier, les emprunts, les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles et les participations à des organismes dotés de la personnalité morale autres que les groupements d'intérêt public, ainsi que sur les créations de filiales et les prises de participations financières, sont exécutoires, à défaut d'approbation expresse notifiée dans ce délai, un mois après leur réception par les ministres chargés de la tutelle et par le ministre chargé du budget, si aucun d'eux n'y a fait opposition dans ce délai.

Le président du Muséum national d'histoire naturelle est choisi, après appel à candidatures, parmi les personnalités scientifiques ayant une compétence dans les domaines d'activité de l'établissement. Il est nommé par décret pour quatre ans, sur proposition des ministres chargés de la tutelle. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
La proposition des ministres est faite au vu de l'avis motivé de la commission prévue à l'article R. 353-11 qui soumet aux ministres trois candidats au plus.
Les fonctions de président du Muséum sont incompatibles avec l'exercice de fonctions de directeur au sein de l'établissement.

La commission appelée à émettre un avis sur les candidatures à la fonction de président du Muséum national d'histoire naturelle est constituée chaque fois qu'il y a lieu de pourvoir à cette fonction. Elle comprend :
1° Trois représentants d'organismes d'enseignement supérieur ou de recherche intervenant dans les domaines d'activités du Muséum, dont un désigné par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, un par le ministre chargé de l'environnement et un par le ministre chargé de la recherche ;
2° Trois membres désignés en son sein ou non par le conseil scientifique ;
3° Trois personnalités qualifiées, françaises ou étrangères, n'appartenant pas au Muséum, respectivement désignées par les ministres chargés de l'enseignement supérieur, de l'environnement et de la recherche.

Le président du Muséum national d'histoire naturelle assure la direction de l'établissement. A ce titre, il exerce les compétences qui ne sont pas attribuées à une autre autorité en vertu des dispositions du présent chapitre, et notamment :
1° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
2° Il prépare et exécute le budget ;
3° Il prépare le règlement intérieur du Muséum et veille à sa mise en œuvre ;
4° Dans le cadre des orientations fixées par le conseil d'administration, il prépare le projet stratégique d'établissement ainsi que le contrat pluriannuel de l'établissement et veille à leur exécution ;
5° Il contribue à la préparation des autres délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
6° Il est ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement ;
7° Il est responsable du bon fonctionnement de l'établissement et du respect de l'ordre et de la sécurité ;
8° Il gère le personnel ;
9° Il veille à la conservation et à la gestion des collections et préside la commission des acquisitions ;
10° Dans les conditions prévues à l'article R. 353-7, il peut conclure tout contrat et convention, transiger ou recourir à l'arbitrage ;
11° Il établit le rapport annuel d'activité du Muséum.
Le président du Muséum peut déléguer sa signature aux directeurs généraux délégués et, pour les affaires relevant de leurs compétences, aux responsables des structures opérationnelles, ainsi qu'à tout autre agent placé sous leur autorité, dans les conditions prévues par le règlement intérieur de l'établissement.

Le directeur général délégué chargé des ressources humaines et financières et de l'administration générale, qui assure les fonctions de directeur général des services, est nommé, sur proposition du président du Muséum national d'histoire naturelle, après avis des ministres chargés de l'environnement et de la recherche.
En dehors du directeur général délégué aux ressources, tout directeur général délégué est nommé par le président du Muséum, après avis du conseil scientifique, pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Le directeur général délégué est assisté d'un conseil consultatif composé pour moitié au moins de membres élus.

Le pouvoir disciplinaire prévu aux articles L. 712-6-2 et L. 811-5 du code de l'éducation est exercé conformément à l'article R. 717-11 du même code, sous réserve des dispositions des articles R. 353-15, R. 353-16 et R. 353-17 du présent code.

La section disciplinaire du conseil d'administration compétente à l'égard des enseignants-chercheurs et des enseignants du Muséum national d'histoire naturelle, en application de l'article L. 712-6-2 du code de l'éducation, comprend :
1° Six professeurs du Muséum ou professeurs des universités ou personnels assimilés, parmi lesquels les trois représentants élus au conseil d'administration appartenant au premier collège mentionné à l'article R. 353-6 du présent code et trois autres membres élus appartenant au même collège ;
2° Quatre maîtres de conférences du Muséum ou maîtres de conférences des universités ou personnels assimilés, parmi lesquels les représentants élus au conseil d'administration appartenant à ces corps, les autres membres étant élus parmi les personnels appartenant à ces mêmes corps.
Les membres de la section disciplinaire qui ne siègent pas au conseil d'administration sont élus dans les conditions fixées par l'article R. 712-18 du code de l'éducation.

La formation de la section disciplinaire appelée à connaître des poursuites engagées à l'encontre des enseignants du Muséum national d'histoire naturelle autres que ceux relevant de l'article R. 353-15 du présent code comprend :
1° Deux membres appartenant aux personnels mentionnés au 1° du même article ;
2° Deux membres appartenant aux personnels mentionnés au 2° du même article ;
3° Deux représentants du corps ou de la catégorie auxquels appartient la personne déférée, élus dans les conditions définies à l'article R. 712-20 du code de l'éducation.
La section disciplinaire est présidée par un professeur du Muséum ou un professeur des universités ou un personnel assimilé au sens du collège A du I de l'article D. 719-4 du même code.

La section disciplinaire compétente à l'égard des étudiants du Muséum national d'histoire naturelle, en application de l'article L. 811-5 du code de l'éducation, comprend :
1° Deux professeurs du Muséum ou professeurs des universités ou personnels assimilés au sens du collège A du I de l'article D. 719-4 du même code ;
2° Un maître de conférences du Muséum ou maître de conférences des universités ou membre des personnels assimilés au sens du collège B du I du même article ou, à défaut, élu dans les conditions prévues à l'article R. 811-16 du même code ;
3° Le représentant du quatrième collège élu au conseil d'administration ainsi que deux autres étudiants élus dans les mêmes conditions.
Le président de la section disciplinaire est élu par et parmi les membres mentionnés aux 1° et 2°, dans les conditions fixées à l'article R. 811-18 du même code.