Un commissaire du Gouvernement, désigné par arrêté des ministres exerçant la tutelle du centre, est placé auprès du Centre national d'études spatiales. Il peut à tout moment se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives et procéder ou faire procéder à toute vérification. En cas d'empêchement, il peut se faire représenter aux séances du conseil d'administration par un fonctionnaire placé sous son autorité nommément désigné.
Il informe les ministres intéressés des questions figurant à l'ordre du jour du conseil d'administration et des délibérations adoptées.