Pour assurer au mieux ses activités, l'assemblée peut créer des commissions spécialisées, permanentes ou temporaires, dont elle définit au cas par cas, en séance, la composition et la compétence.
L'Académie des beaux-arts renouvelle, au début de chaque année, la liste de ses commissions permanentes et de leurs membres. Les membres de ces commissions sont désignés par les sections et la liste est ratifiée en assemblée. Sur la proposition des sections, des membres associés étrangers et des correspondants peuvent participer à ces commissions.
Les membres du bureau peuvent assister aux réunions de toutes les commissions de l'Académie des beaux-arts et y ont voix délibérative.