Le traitement des demandes de subvention mentionnées à l'article 9 est confié à l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie, avec laquelle l'Etat conclut à cette fin une convention fixant notamment le rôle de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et les conditions dans lesquelles l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie se voit couvrir les frais réputés induits au titre de cette gestion.
La gestion de l'aide octroyée est confiée à l'Agence de services et de paiement, avec qui l'Etat conclut à cette fin une convention fixant notamment le rôle de l'Agence de services et de paiement et les conditions dans lesquelles l'Agence de services et de paiement se voit couvrir les frais réputés induits au titre de cette gestion. L'Agence des services et de paiement s'appuie sur l'expertise technique de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie dans les conditions définies par les conventions que les deux agences concluent avec l'Etat.

L'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie est en particulier chargée :

- de réceptionner et d'instruire techniquement les dossiers de demande de subvention ;
- de présenter, pour chaque dossier de demande d'aide au fonctionnement pour la chaleur issue de biomasse, ses éléments d'analyse et, pour décision, une proposition de montant d'aide au ministre chargé de l'industrie et au ministre chargé de l'énergie ;
- de présenter, pour chaque dossier de demande d'aide au fonctionnement pour la chaleur issue de combustibles solides de récupération, ses éléments d'analyse et, pour décision, une proposition de montant d'aide au ministre chargé de l'industrie et au ministre chargé de l'environnement ;
- en cas de délégation reçue du ministre chargé de l'industrie, et du ministre chargé de l'énergie ou de l'environnement selon l'aide concernée, de notifier au demandeur la décision d'attribution précisant la forme et le montant maximum de la subvention qui lui sera attribuée ;
- de transmettre la formule de calcul de l'aide au fonctionnement et tout élément nécessaire à son administration à l'Agence de services et de paiement ;
- de fournir son expertise technique à l'Agence de services de paiement dans les conditions précisées par les conventions conclues avec l'Etat.

L'Agence de services et de paiement est chargée :

- de réceptionner les informations transmises par l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie au terme de la procédure d'instruction des dossiers ;
- sur la base des décisions d'octroi, de conclure avec le bénéficiaire une convention précisant notamment les modalités de versement de l'aide ;
- de procéder au calcul de l'aide à partir de la valeur des paramètres de calcul transmise par l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et par le bénéficiaire ;
- de procéder au versement de l'aide selon les termes et le calendrier prévus par la convention liant l'Agence de services et de paiement et le bénéficiaire ;
- de procéder au recouvrement des sommes éventuellement dues par le bénéficiaire dans les conditions fixées par les dispositions de l'article 9 et par la convention liant l'Agence de services et de paiement et le bénéficiaire.

Le versement de la subvention aux projets éligibles ne pourra être effectué que dans la limite des crédits notifiés à l'Agence des services et de paiement.
Le demandeur adresse à l'Agence de services et de paiement des demandes de versement établies selon un modèle et un jalonnement approuvés par le ministre chargé de l'industrie, le ministre chargé de l'énergie et le ministre chargé de l'environnement.

L'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et l'Agence de services et de paiement assurent le suivi et le contrôle du dispositif de versement de l'aide dans les conditions précisées par les conventions conclues avec l'Etat.