Le traitement des demandes des aides mentionnées à l'article 1er et le versement de ces dernières sont confiés à l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie avec laquelle l'Etat conclut à cette fin une convention fixant notamment le rôle de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et les conditions dans lesquelles l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie se voit couvrir les frais réputés induits au titre de cette gestion.

L'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie est en particulier chargée :

- de préparer les projets de cahiers des charges des procédures de sélection selon les orientations du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de l'énergie et de les publier après leur validation ;
- de réceptionner et d'instruire techniquement les dossiers de demande de subvention ;
- de présenter pour chaque dossier ses éléments d'analyse et, pour décision, une proposition de montant d'aide au ministre chargé de l'industrie et au ministre chargé de l'énergie ;
- en cas de délégation reçue du ministre chargé de l'industrie et du ministre chargé de l'énergie, de notifier au demandeur la décision d'attribution précisant le montant maximum de la subvention qui lui sera attribuée, et de conventionner l'aide avec le demandeur ;
- de réceptionner et d'instruire les demandes de paiement transmises par le bénéficiaire ;
- de verser le montant de la subvention au bénéficiaire dans les conditions prévues par la décision d'attribution.

Les décisions d'attribution des subventions aux projets éligibles ne pourront être prises que dans la limite des crédits notifiés à l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie.
Le demandeur adresse à l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie des demandes de versement établies selon un modèle et un jalonnement approuvés par le ministre chargé de l'industrie et le ministre chargé de l'environnement.

L'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie contrôle ou fait contrôler l'exactitude des déclarations du bénéficiaire de la subvention qui lui sont adressées lors de la réception de la demande de subvention et de la demande de paiement.
Elle contrôle la bonne exécution des travaux figurant dans la demande d'aide et le respect par le bénéficiaire des engagements en matière d'économie d'énergie ou de réduction des émissions de carbone. Elle peut demander toute information complémentaire nécessaire à l'exercice de sa mission.