Le ministre de l'agriculture, de l'agroalimentaire et de la forêt a autorité sur l'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation, de l'agroalimentaire et de la forêt, telle que définie par le décret du 30 juin 2008 susvisé.
Pour l'exercice de ses attributions dans le domaine de l'agroalimentaire, il dispose de la direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services.
Pour l'exercice de ses attributions en matière de commerce international, il peut faire appel à la direction générale du Trésor.