Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil d'administration se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet de la région Ile-de-France ou de son délégué, cette convocation étant adressée aux membres du conseil d'administration au moins dix jours avant la date prévue.

Dès sa première réunion, le conseil d'administration élit son bureau composé d'un président, d'un vice-président et d'un secrétaire choisis parmi les membres du conseil. Il peut également élire un second vice-président.

Les candidats aux fonctions de membres du bureau doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection du bureau, se faire connaître auprès du commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article R. 4322-16. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable.
Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil d'administration de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de membre du bureau, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.

Le président, les deux vice-présidents et le secrétaire du conseil d'administration sont élus pour cinq ans. Les membres sortants du bureau sont rééligibles à celui-ci.
Le conseil d'administration peut adjoindre au secrétaire des secrétaires auxiliaires pris dans le personnel du port autonome qui assistent aux séances sans participer aux délibérations.
Le mandat des membres du bureau expire normalement avec leur mandat de membres du conseil d'administration. Toutefois, le mandat de président du conseil d'administration prend fin au plus tard lorsque son titulaire atteint l'âge de soixante-sept ans.

Le conseil d'administration se réunit en séance ordinaire au moins quatre fois par an sur convocation de son président.
Le conseil d'administration peut en outre être réuni en séance extraordinaire, sur un ordre du jour déterminé, à la demande du commissaire du Gouvernement, de la majorité des membres du conseil ou à l'initiative du président du conseil d'administration.

Les convocations aux séances sont adressées dix jours au moins avant la date de réunion du conseil au préfet de la région Ile-de-France, au commissaire du Gouvernement et du contrôleur budgétaire ; elles sont accompagnées des ordres du jour et des mêmes documents que ceux qui sont transmis aux membres du conseil d'administration.
Le préfet de la région Ile-de-France, le commissaire du Gouvernement et le contrôleur budgétaire peuvent demander au président du conseil d'administration l'inscription à l'ordre du jour des questions sur lesquelles ils estiment nécessaire de provoquer une délibération de cette assemblée.

Le conseil ne peut valablement délibérer que lorsque la moitié au moins de ses membres en exercice assistent à la séance. Toutefois, les délibérations prises à la suite de deux convocations successives, à trois jours d'intervalle, et dûment constatées, sont valables quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations sont prises à la majorité des suffrages exprimés. En cas de partage, la voix du président est prépondérante.

Le vote a lieu au scrutin secret dans le cas de nomination ou d'avis sur une désignation. Dans ces deux cas, si, après deux tours de scrutin, aucun candidat n'a obtenu la majorité absolue, il est procédé à un troisième tour de scrutin et la nomination ou la désignation a lieu à la majorité relative ; à égalité de voix, la nomination ou la désignation est acquise au candidat le plus âgé.

Tout membre du conseil d'administration peut, par mandat spécial, déléguer à un autre membre la faculté de voter en ses lieu et place sur les questions portées à l'ordre du jour ; un membre ne peut être mandataire que d'un seul de ses collègues.

Les dispositions de l'article R. 102-8 du code des ports maritimes relatives aux obligations déontologiques des membres du conseil de surveillance des grands ports maritimes s'appliquent aux membres du conseil d'administration de Port autonome de Paris.

Les membres du conseil d'administration ont droit au remboursement des frais occasionnés par leur mandat dans des conditions fixées par décision conjointe du ministre chargé du budget et du ministre chargé des transports.
Chaque représentant des salariés dispose d'un crédit de quinze heures par mois pour l'exercice de son mandat.

Le préfet de région Ile-de-France ou son représentant, le commissaire du Gouvernement, le directeur général, le contrôleur budgétaire et le secrétaire du comité d'entreprise assistent avec voix consultative aux séances du conseil d'administration.
L'agent comptable du port assiste avec voix consultative aux séances du conseil d'administration traitant de questions budgétaires et comptables.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de Port autonome de Paris. A ce titre, il :
1° Adopte, au plus tard le 1er novembre de l'année précédant celle pour laquelle il est établi, le budget et ses décisions modificatives, notamment portant sur l'évolution de la dette, les politiques salariales et les effectifs ;
2° Adopte le compte financier et l'affectation des résultats aux fins de vérification et de contrôle ;
3° Approuve, hormis le cas des marchés passés par les services annexes du port mentionnés à l'article R. 4322-5, les marchés d'un montant supérieur à une valeur qu'il détermine et, pour les marchés d'un montant inférieur à cette valeur, fixe les règles de leur passation par le directeur général dans le respect des dispositions du second alinéa de l'article D. 4322-50 ;
4° Fixe les principes techniques et tarifaires d'utilisation des installations gérées par le port dans les conditions de la réglementation en vigueur ;
5° Décide de la création de filiales ainsi que des prises, cessions ou extensions de participations financières prévues au dernier alinéa de l'article L. 4322-1, après approbation des ministres chargé des transports, de l'économie et du budget, dans les conditions prévues à l'article R. 4322-47 ;
6° Adopte les conditions des emprunts et des prêts ;
7° Décide des acquisitions et aliénations de biens immobiliers ainsi que du déclassement de terrain, ouvrage ou bâtiment faisant partie du domaine public de l'établissement ;
8° Approuve les transactions prévues aux articles 2044 et suivants du code civil, lorsque leur montant est supérieur à un seuil qu'il fixe ;
9° Accorde des cautions, avals et garanties ;
10° Décide des opérations d'investissement d'un montant supérieur à un seuil qu'il fixe ;
11° Approuve les conventions visées au III de l'article R. 102-8 du code des ports maritimes ;
12° Fixe les conditions générales de rémunération des personnels ;
13° Fixe les limites d'emploi des fonds excédant les besoins de la trésorerie et le placement des réserves ;
14° Définit les règles générales de gestion domaniale ;
15° Institue et modifie les droits de port mentionnés à l'article R. 4322-62 ;
16° Fixe les conditions dans lesquelles le directeur général peut déléguer sa signature et, en particulier, les modalités de publication des actes de délégation correspondants.

Le conseil d'administration établit son règlement intérieur qui détermine notamment les modalités de publication des décisions de l'établissement public.

Le conseil d'administration constitue en son sein un comité d'audit qui l'assiste dans sa fonction de garant de la qualité du contrôle interne et de la fiabilité des informations fournies à l'Etat.
Le conseil d'administration fixe, dans la limite de ses attributions, les affaires qui sont de la compétence du comité d'audit. Celles-ci comprennent notamment le contrôle de l'efficacité des systèmes de contrôle interne, la supervision du contrôle légal des comptes annuels et des comptes consolidés, les risques d'engagement hors bilan significatifs, l'examen et le suivi de l'indépendance des commissaires aux comptes.
Le président du conseil d'administration ne peut faire partie du comité d'audit.
Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur budgétaire assistent avec voix consultative aux séances de ce comité.

Le conseil d'administration peut constituer en son sein des comités ou commissions spécialisées.
Il détermine la composition de ces comités ou commissions, les catégories d'affaires qui peuvent leur être soumises et toutes les dispositions utiles à leur fonctionnement.
Le préfet de la région Ile-de-France ou son représentant, le commissaire du Gouvernement, le directeur général et le contrôleur budgétaire assistent avec voix consultative aux séances des comités ou commissions créés en application du premier alinéa. L'agent comptable assiste avec voix consultative aux séances traitant de questions budgétaires et comptables.
Ils assistent dans les mêmes conditions aux séances du comité de direction prévu à l'article L. 4322-6.

Le conseil d'administration peut déléguer certaines de ses attributions soit au comité de direction, soit au directeur général du port.
Toutefois, ne peuvent pas faire l'objet de la délégation prévue au précédent alinéa les attributions mentionnées du 1° au 11° à l'article R. 4322-30.
La fixation des rémunérations des personnels dont les échelles ne sont pas fixées par le régime général du port ne peut être déléguée qu'au comité de direction.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance signé par le président et le secrétaire.
Ce procès-verbal est adressé au ministre chargé des transports, au ministre chargé de l'économie, au ministre chargé du budget, aux administrateurs, au commissaire du Gouvernement, au contrôleur budgétaire et au préfet de la région Ile-de-France.

Les délibérations du conseil d'administration sont transmises au ministre chargé des transports, au ministre chargé de l'économie et au ministre chargé du budget. Elles sont communiquées en même temps, par les soins du président, au commissaire du Gouvernement, au contrôleur budgétaire et au préfet de la région Ile-de-France.
Les délibérations relatives aux objets sur lesquels le conseil statue définitivement deviennent de plein droit exécutoires si le commissaire du Gouvernement n'y fait pas opposition dans les huit jours qui suivent la réunion du conseil d'administration.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre II du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Sauf confirmation par le ministre chargé des transports dans un délai d'un mois à partir de l'opposition du commissaire du Gouvernement, celle-ci est levée de plein droit.

Dans le cadre des missions qui sont définies à l'article L. 4322-5, le président du conseil d'administration prépare le rapport que le conseil d'administration doit présenter chaque année sur la situation du port et l'état des différents services. Le rapport du conseil, accompagné d'un extrait du procès-verbal de la discussion, est adressé avant le 31 mars à chacun des ministres chargé des transports et de l'économie et du budget.

En cas d'absence ou pour tout autre empêchement, le président du conseil d'administration est provisoirement remplacé dans la plénitude de ses fonctions par le vice-président et, s'il existe deux vice-présidents, par l'un d'eux dans les conditions définies par le règlement intérieur du conseil prévu à l'article R. 4322-31.