Le conseil d'administration se réunit aussi souvent qu'il est nécessaire et au moins trois fois par an, sur la convocation de son président qui en fixe l'ordre du jour.
La convocation est de droit si elle est demandée par le commissaire du Gouvernement. Il en est de même si elle est demandée, sur un ordre du jour déterminé, par au moins la moitié des membres du conseil d'administration, dès lors que celui-ci ne s'est pas réuni depuis plus de deux mois.
Sur demande de la majorité des représentants du personnel du conseil d'administration, un point peut être inscrit à l'ordre du jour, sous réserve que cette demande soit effectuée vingt et un jours avant la date de réunion du conseil.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres assiste à la séance ou s'y fait représenter. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.
Un membre du conseil d'administration peut donner procuration à un autre membre du conseil d'administration. Nul ne peut être porteur de plus d'une procuration.
Les délibérations sont prises à la majorité des voix ; en cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.

Les membres du conseil d'administration peuvent participer à une séance du conseil d'administration par des moyens de visioconférence permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale, dans des conditions précisées par le règlement intérieur. En pareil cas, en sus de la règle définie au premier alinéa de l'article R. 4312-7, le nombre de membres physiquement présents à la séance ne peut être inférieur au quart de l'effectif total du conseil.

Le directeur général, le commissaire du Gouvernement, le contrôleur budgétaire, l'agent comptable principal et le secrétaire de la formation mentionnée au 2° du I de l'article L. 4312-3-2 assistent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le conseil d'administration délibère notamment sur :
1° Les orientations stratégiques de l'établissement, notamment les orientations en matière de recrutement des personnels, les conditions générales d'emploi, les conditions de rémunération des personnels mentionnés aux 3° et 4° de l'article L. 4312-3-1, les contrats d'objectifs, les programmes généraux et annuels d'activités et d'investissement ;
2° Le budget et ses décisions modificatives ;
3° Le rapport annuel d'activité ;
4° Les conditions générales d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ;
5° Le montant des péages de navigation, des droits fixes et des redevances d'occupation domaniale ainsi que des redevances perçues en contrepartie d'usage des services d'information fluviale ;
6° L'administration du domaine qui lui est confié par l'Etat et la gestion de ses biens ;
7° Les subventions ;
8° Les concessions, les marchés, les accords-cadres et les contrats de partenariat ;
9° Le compte financier, qui comprend notamment l'annexe et les états de développement des soldes et les propositions relatives à la fixation et à l'affectation des résultats et la constitution de réserves ;
10° La conclusion d'emprunts sur une période n'excédant pas douze mois conformément aux lois et règlements en vigueur ;
11° La création de filiales et les prises, extensions ou cessions de participations financières ;
12° L'acquisition ou l'aliénation des biens immobiliers ;
13° L'octroi d'hypothèques, de cautions ou d'autres garanties ;
14° La participation à des organismes dotés de la personnalité morale ;
15° Les actions en justice et les transactions ;
16° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
17° Les horaires et les jours d'ouverture des ouvrages de navigation qui lui sont confiés, ainsi que les périodes de chômage, sous réserve des attributions dévolues en cas d'urgence au directeur général et mentionnées à l'article R. 4312-16.

Le conseil d'administration établit son règlement intérieur et peut créer des comités en son sein, dont un comité d'audit et un comité de programmation des investissements.
Il crée les commissions territoriales des voies navigables mentionnées à l'article D. 4312-19.

Dans des conditions qu'il détermine, et à l'exclusion notamment de l'approbation du budget et du compte financier, le conseil d'administration peut déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur général, sous réserve pour lui d'agir dans le cadre des programmes de l'établissement et dans la limite des crédits ouverts par ses budgets. Le directeur général rend compte au conseil d'administration des décisions qu'il a prises par délégation de ce conseil.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par le secrétaire désigné par le président de séance parmi les agents de Voies navigables de France. Le procès-verbal est adressé sans délai au ministre des transports.

Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires de plein droit, sauf si le commissaire du Gouvernement ou le contrôleur budgétaire y font opposition dans les huit jours qui suivent soit la réunion du conseil d'administration, s'ils y ont assisté, soit la réception du procès-verbal de la séance.
Sauf confirmation par le ministre chargé des transports ou par le ministre chargé des finances de cette opposition dans un délai d'un mois à partir de l'opposition du commissaire du Gouvernement ou du contrôleur budgétaire, celle-ci est levée de plein droit.
Les délibérations relatives aux emprunts, aux créations de filiales, aux cessions, prises ou extensions de participations financières sont transmises, pour approbation, au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget. Sauf décision expresse de ces ministres dans les deux mois suivant leur réception, ces délibérations sont réputées approuvées et deviennent exécutoires à l'issue de ce délai.

La publication des actes réglementaires pris par l'établissement est assurée par une insertion au Bulletin officiel des actes de Voies navigables de France, édité sous forme papier.
Ce bulletin est tenu à la disposition du public au siège de l'établissement et auprès de ses représentants locaux. Il peut être adressé à toute personne qui en fait la demande.
Ce bulletin est également mis à la disposition du public sous forme électronique de façon permanente et gratuite.