Les certificats de capacité pour la conduite des bateaux de commerce et les attestations spéciales prévues aux articles R. 4231-15 et R. 4231-16 peuvent être retirés temporairement ou définitivement en cas de contravention aux règlements de police de la navigation, ou de manœuvre, de négligence ou d'imprudence de nature à compromettre la sécurité ou la liberté de la navigation, ou en cas de conduite en état d'ébriété constatées dans les conditions prévues par un arrêté du ministre chargé des transports.

Le retrait temporaire prévu à l'article R. 4271-1, d'une durée maximale de six mois, est prononcé, après que le titulaire a été entendu, par l'autorité compétente au lieu du contrôle. L'autorité compétente qui a délivré le certificat est informée de la décision.
Le retrait définitif est prononcé, après que le titulaire a été entendu, sur l'avis conforme de l'autorité compétente au lieu du contrôle, par l'autorité compétente qui l'a délivré.

Lorsque le conducteur en infraction est titulaire d'un des documents énumérés aux articles R. 4231-19 à R. 4231-21, l'autorité compétente pour décider du retrait du certificat de capacité informe l'autorité qui a délivré le certificat des constatations faites et des décisions qu'elle a prises ou qu'elle envisage de prendre. Elle peut prononcer à l'encontre du conducteur, après avoir entendu celui-ci, l'interdiction de conduire un bateau de commerce sur les eaux intérieures nationales pour une durée maximum de six mois.