L'établissement est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des comptables secondaires peuvent être désignés à la demande du directeur de l'institut, après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1° Les subventions, avances, fonds de concours ou participations qui lui sont attribués par l'Etat, les institutions européennes, les collectivités territoriales, les établissements publics ainsi que par toute autre personne publique ;
2° Les honoraires d'expertise et autres redevances pour services rendus ;
3° Les sommes perçues en matière de formation professionnelle ou continue ;
4° Les produits des travaux de recherches et d'études pour le compte de tiers ;
5° Les produits de l'exploitation directe ou indirecte des droits de propriété intellectuelle ;
6° Les produits résultant de la vente des publications et droits de propriété intellectuelle ;
7° Les versements et contributions des organismes publics ou privés, français ou internationaux, avec lesquels l'institut passe des conventions ;
8° Les revenus des biens meubles et immeubles ;
9° Les produits des aliénations ;
10° Les dons et legs ;
11° Les produits financiers ;
12° Les produits des emprunts ;
13° Toute autre recette autorisée.

Sont payés en application des articles R. 92 et R. 93 du code de procédure pénale les actes expressément ordonnés par les magistrats du parquet ou par les juges d'instruction et juridictions de jugement.

Les travaux, prestations et interventions réalisés à la demande du ministre de l'intérieur sont accomplis à titre gratuit. Il en est de même des examens, analyses et de tous autres travaux techniques ou scientifiques, accomplis en exécution d'une réquisition adressée à l'établissement par un officier ou un agent de police judiciaire dans le cadre d'une procédure pénale.

Les dépenses de l'Institut national de police scientifique comprennent les frais de rémunération des personnels à la charge de l'établissement, les frais de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toute dépense nécessaire à l'activité de l'établissement.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées auprès de l'établissement conformément aux dispositions du décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

L'établissement conclut avec l'Etat représenté par le ministre de l'intérieur un contrat de gestion qui définit notamment les conditions de prise en charge par l'Etat de certaines dépenses.