Le conseil scientifique est composé, outre son président nommé par arrêté du ministre de l'intérieur sur proposition du ministre chargé de la recherche :
1° De membres de droit :
a) Le directeur de la technologie au ministère chargé de la recherche ;
b) Les directeurs des laboratoires de l'établissement ou leur représentant ;
c) Le chef du service central de l'identité judiciaire de la sous-direction de la police technique et scientifique de la direction centrale de la police judiciaire ou son représentant ;
d) Le conseiller scientifique du sous-directeur chargé de la police technique et scientifique de la direction centrale de la police judiciaire ;
e) Deux représentants élus des personnels scientifiques de la police nationale en fonctions à l'institut ;
2° De personnalités qualifiées :
a) Deux choisies sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur en raison de leurs compétences en matière scientifique ;
b) Une choisie sur proposition du ministre chargé de la recherche en raison de sa compétence en matière scientifique ;
c) Deux choisies sur proposition du ministre chargé de l'industrie en raison de leurs compétences dans le domaine des normes et procédures de qualité ;
d) Deux choisies sur proposition du ministre chargé de la santé en raison de leurs compétences dans le domaine de la toxicologie et de la biologie ;
e) Une de nationalité étrangère choisie sur proposition du directeur de l'institut après avis du comité de direction, en raison de sa compétence en criminalistique ;
f) Une choisie sur proposition du garde des sceaux, ministre de la justice ;
3° D'un représentant élu des personnels actifs de la police nationale en fonctions à l'institut.

Les personnalités qualifiées sont nommées par arrêté du ministre de l'intérieur pour une durée de trois ans renouvelable une fois. En cas de vacance survenant pour quelque cause que ce soit plus de six mois avant l'expiration du mandat d'un membre du conseil scientifique, il est procédé à son remplacement pour la durée restant à courir de ce mandat.
Le cumul des mandats de représentant du personnel au conseil d'administration et au conseil scientifique est interdit.
Le directeur de l'institut participe aux séances du conseil scientifique avec voix consultative. Il en fait assurer le secrétariat.
Le président du conseil scientifique peut appeler à participer aux séances avec voix consultative toute personne qualifiée dont il juge la présence utile.

Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an à l'initiative de son président, du président du conseil d'administration ou du directeur de l'institut.

Les fonctions de membre du conseil scientifique ne donnent pas lieu à rémunération.
Toutefois, elles ouvrent droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil scientifique assiste le président et le directeur de l'institut dans les domaines suivants :
1° La politique scientifique de l'institut établie dans le cadre des orientations définies par le contrat d'objectif et les recommandations des instances européennes et internationales compétentes en matière technique et scientifique ;
2° Les programmes de recherche appliquée à la police technique et scientifique ;
3° La veille technologique ;
4° Le développement des méthodes analytiques permettant de fournir aux services enquêteurs des résultats dans les meilleurs délais ;
5° La mise en œuvre des normes scientifiques et techniques permettant à l'institut d'être accrédité ;
6° Les nouvelles méthodologies d'investigations techniques ;
7° La fixation de la liste des agents habilités à réaliser les missions de police judiciaire confiées à l'institut.
Il assiste le directeur dans l'évaluation de l'activité des laboratoires, notamment par l'examen de leurs bilans annuels dans ce domaine et sur la définition des sujets de stage, de thèses, de conventions ou de consultations dans le domaine de la politique scientifique de l'institut.
Les avis et rapports du conseil scientifique sont transmis au directeur et au président du conseil d'administration, qui les communique au conseil.