Un compte spécifique appelé « fonds de l'appel à projets » est ouvert par le gestionnaire du réseau de transport d'électricité dans ses écritures. Ce compte retrace et centralise les flux financiers entre les fournisseurs et les exploitants de capacités relatifs à la pénalité mentionnée à l'article 26.

Le gestionnaire du réseau public de transport d'électricité assure la gestion administrative, comptable et financière de ce compte selon les règles de la comptabilité privée. Il est notamment chargé de la facturation et du versement des sommes dues par les exploitants de capacité et les fournisseurs et de la constatation des éventuels défauts de paiement.