Les représentants élus sont désignés, par collèges distincts, au scrutin plurinominal, ou uninominal si un seul siège est à pourvoir, majoritaire à deux tours. L'élection est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour. En cas d'égalité des voix au second tour, le siège est attribué au bénéfice de l'âge.

Pour l'élection des représentants des membres de l'école et, pour la Casa de Velázquez, des artistes en résidence, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire.

Sont électeurs et éligibles les personnels en fonction à l'école, les membres et les artistes en résidence exerçant leurs activités de recherche ou de création, sous réserve de ne pas être en disponibilité, en congé de longue durée ou en congé parental, ainsi que les personnels de droit local recrutés en application de l'article 6. Le règlement intérieur de l'école précise, le cas échéant, les conditions d'ancienneté requises.

Il est possible de siéger dans plus d'un conseil de l'école.

La durée du mandat des représentants élus et des personnalités nommées est de trois ans, immédiatement renouvelable une fois, à l'exception des représentants des membres dont le mandat est d'un an renouvelable et des représentants des artistes en résidence dont le mandat est d'un an non renouvelable.

Le mandat des représentants élus des conseils prend fin de plein droit lorsqu'ils perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été élus.

En cas de vacance d'un siège d'un représentant élu des personnels ou d'une personnalité nommée, plus de trois mois avant l'échéance de son mandat, un nouveau membre est désigné pour la durée du mandat restant à courir.

En cas de vacance d'un siège d'un représentant élu des membres de l'école ou des artistes en résidence, le siège est pourvu par le suppléant pour la durée du mandat restant à courir.

Pour l'élection des représentants des personnels de l'Ecole française d'Extrême-Orient, chaque candidat se présente avec un suppléant appelé à siéger en cas d'empêchement temporaire du représentant titulaire. En cas de vacance d'un siège d'un représentant titulaire élu des personnels de l'école, le siège est pourvu par le suppléant pour la durée du mandat restant à courir.

Le directeur de l'école est chargé de l'organisation des opérations électorales. A ce titre, il fixe notamment la date des scrutins, établit les listes électorales, qu'il publie quinze jours au moins avant la date retenue pour les scrutins, et convoque les collèges électoraux.
Tout recours juridictionnel contre les élections doit être précédé d'un recours déposé auprès du directeur dans un délai de cinq jours à compter de l'affichage des résultats. Le directeur statue sur ce recours dans les huit jours de son dépôt. A défaut, le recours est réputé rejeté.

Les membres des conseils exercent leurs fonctions à titre gratuit. Toutefois, leurs frais de déplacement et de séjour peuvent être remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le règlement intérieur de chaque école, sous réserve des dispositions législatives et réglementaires en vigueur, précise notamment la composition des conseils, leurs lieux de réunion, les règles de quorum, les modalités de délibérations de ces conseils et de représentation de leurs membres, les modalités de convocation, d'établissement et d'envoi de l'ordre du jour des conseils ainsi que la présidence de ceux-ci en cas d'empêchement de leurs présidents respectifs.
Il définit, en outre, la liste des personnes qui peuvent assister aux séances des conseils avec voix consultative et les règles de publicité des délibérations.
Il peut prévoir que les membres des conseils participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique permettant leur identification et leur participation effective à une délibération collégiale et satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.