Le directeur fait l'objet d'une évaluation annuelle conduite soit par le directeur général de l'agence régionale de santé, soit par le préfet de département, selon l'établissement d'affectation.
L'évaluation repose sur un entretien formalisé entre le directeur et l'une ou l'autre de ces autorités selon l'établissement d'affectation et tient compte des objectifs assignés et des résultats obtenus.
Cet entretien donne lieu à un compte rendu écrit, faisant état du bilan des résultats atteints au regard des objectifs assignés. Il est signé par l'autorité chargée de l'évaluation et le directeur intéressé.