Le comité de pilotage définit les orientations de l'observatoire ainsi que le programme de travail annuel et organise le calendrier des travaux. Il donne un avis sur les travaux en cours.
Il se réunit au moins deux fois par an.
Il élabore un rapport annuel transmis au ministre chargé de la santé et au Parlement. Ce rapport est rendu public.
Le comité de pilotage arrête son règlement intérieur.