La commission dispose d'un secrétariat qui peut être assuré par l'Etat, le conseil départemental, un organisme payeur des aides personnelles au logement ou un organisme dans lequel l'Etat et le conseil départemental sont membres de droit du conseil d'administration. A l'issue de la réunion de chaque commission, le secrétariat adresse aux instances décisionnelles les avis émis par les membres de la commission.