Le commissaire du Gouvernement a une mission générale de vérification de la conformité des actions engagées par le comité avec les missions énoncées à l'article L. 951-10-1 du code du travail et les objectifs des politiques publiques concernées.

Outre les attributions prévues par l'article L. 951-10-1 du code du travail, le contrôleur a une mission générale de surveillance de l'activité économique et de la gestion financière du comité. A ce titre, il contrôle toutes les opérations menées par le comité ou avec son concours, susceptibles d'avoir une répercussion financière directe ou indirecte, évalue ses performances et veille aux intérêts patrimoniaux de l'Etat. Pour l'exercice de sa mission, le contrôleur a tous pouvoirs d'investigation sur pièces et sur place.

Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur ont entrée avec voix consultative aux organes délibérants et à toutes instances ou commissions instituées en leur sein.

Sauf dispositions contraires, ils reçoivent, dans les mêmes conditions que leurs membres, et huit jours au moins avant les séances, les convocations, ordres du jour et documents de travail. Les comptes rendus des séances leur sont adressés dès leur établissement et au plus tard dans les trente jours suivant les séances.

Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur reçoivent communication chaque année des objectifs de performance et des indicateurs de suivi qui leur sont attachés.

Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur peuvent être saisis par le président du comité de toute question relative à l'exercice des missions qui lui sont assignées.

Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur se tiennent mutuellement informés de leurs actions selon des modalités définies d'un commun accord.

Le commissaire du Gouvernement et le contrôleur rendent compte conjointement aux ministres qu'ils représentent de leurs observations sur l'état de liquidation annuel dressé par le comité des dépenses exposées pour la gestion paritaire de la cotisation par les organisations qui y siègent.