Lorsqu'il n'est pas l'autorité compétente pour statuer sur la demande, le préfet transmet le dossier, avec son avis, au ministre chargé de l'environnement.
Lorsque l'objet statutaire de l'association qui demande l'agrément comprend l'urbanisme, le ministre chargé de l'environnement consulte le ministre chargé de l'urbanisme. Ce dernier donne son avis dans un délai d'un mois. A défaut de réponse dans ce délai, son avis est réputé favorable.