En vue de coordonner les actions des associations agréées, leur sont applicables les décisions de la fédération départementale relatives à la protection des milieux aquatiques et à la mise en valeur piscicole. Ces décisions peuvent toutefois être déférées au ministre, qui statue après avis du Conseil supérieur de la pêche.
Le préfet veille à l'utilisation des ressources de la fédération départementale aux fins prévues par la loi ainsi qu'à l'exécution des obligations statutaires. La comptabilité de la fédération lui est communiquée.