L'élection des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et le tirage au sort des membres des conseils de la fonction militaire sont effectués sous le contrôle d'une commission présidée par un conseiller d'Etat et comprenant le secrétaire général du Conseil supérieur de la fonction militaire, un membre du contrôle général des armées, un officier et un sous-officier désignés par le ministre de la défense.
Les contestations relatives à l'élection des membres du Conseil supérieur de la fonction militaire ou au tirage au sort des membres des conseils de la fonction militaire sont adressées par les militaires à la commission de contrôle au plus tard huit jours francs à compter de la date de publication des arrêtés portant nomination des membres.
En cas d'invalidation des élections, la commission fait procéder à de nouvelles élections.
En cas d'invalidation d'un membre élu, il est remplacé par le militaire le suivant dans l'ordre de la liste donnant les résultats du scrutin.
En cas d'invalidation des opérations de tirage au sort, la commission fait procéder à un nouveau tirage au sort. En cas d'invalidation d'un membre tiré au sort, la commission fait procéder à un nouveau tirage au sort dans la catégorie à laquelle appartient le militaire invalidé.

Les membres du Conseil supérieur de la fonction militaire et des conseils de la fonction militaire jouissent des garanties indispensables à leur liberté d'expression. Les participants à une session sont tenus à l'obligation de réserve dans la diffusion des opinions exprimées en séance.
Les autorités hiérarchiques dont relèvent, au titre de leur emploi, les membres des conseils leur accordent toutes informations et facilités nécessaires à l'exercice de leurs fonctions.

Aucune appréciation sur le comportement d'un militaire en sa qualité de membre du Conseil supérieur de la fonction militaire ou d'un conseil de la fonction militaire ne doit figurer dans sa notation ni dans son dossier.
Si un militaire considère qu'une décision défavorable le concernant, de quelque nature que ce soit, a été prise eu égard à cette qualité, il lui appartient d'utiliser, le cas échéant, les voies de recours en vigueur.
Il peut, en outre, saisir directement le ministre de la défense pour lui faire part des difficultés qu'il rencontre dans l'exercice de ses fonctions.