Après la procédure de choix, les internes, rattachés à un centre hospitalier régional, relèvent pour leur formation pédagogique, selon des modalités déterminées par le ou les conseils de l'unité ou des unités de formation et de recherche médicale de la subdivision et après approbation des présidents d'université concernés, de l'unité de formation et de recherche médicale de l'université où ils prennent leur inscription annuelle.

Au cours de leur formation, les internes peuvent, conformément aux dispositions de l'article 27 du décret du 7 avril 1988 susvisé, bénéficier, en fonction de leur rang de classement aux épreuves prévues à l'article 4 et en tenant compte de leur projet de recherche, d'une année de recherche dont les modalités d'organisation ainsi que le nombre de postes offerts chaque année sont fixés par arrêté des ministres chargés du budget, de l'enseignement supérieur et de la santé.
Les stages effectués au cours d'une année de recherche ne sont pas pris en compte dans les obligations de formation pratique prévues pour chaque diplôme d'études spécialisées.

Les internes reçoivent à temps plein une formation théorique et pratique de trois à cinq ans selon le diplôme d'études spécialisées envisagé.
Un arrêté des ministres chargés, respectivement, de l'enseignement supérieur et de la santé fixe, pour chaque diplôme d'études spécialisées, le temps nécessaire à son obtention, le programme des enseignements, la durée et la nature des fonctions pratiques ainsi que les règles de validation applicables.

L'interne de médecine générale doit :
- dans le cadre de ses fonctions hospitalières, effectuer un semestre de formation dans les services agréés pour la médecine générale des centres hospitaliers universitaires ;
- dans le cadre de ses fonctions extra-hospitalières, effectuer un stage d'un semestre auprès de praticiens généralistes agréés dits « maîtres de stage ». Ce stage peut se dérouler auprès de plusieurs praticiens. Le maître de stage doit exercer son activité professionnelle depuis trois ans au moins et être habilité par le directeur de l'unité de formation et de recherche médicale dont relève l'interne, après avis du conseil de l'unité de formation et de recherche médicale selon des modalités définies par arrêté des ministres chargés, respectivement, de l'enseignement supérieur et de la santé.

Les internes autres que ceux de médecine générale exercent leurs fonctions durant au moins deux semestres dans des hôpitaux autres qu'un centre hospitalier universitaire. Toutefois, l'enseignant coordonnateur du diplôme d'études spécialisées, en fonction des exigences de formation de ce diplôme et des capacités de formation de la subdivision dont relève l'interne, peut limiter à un semestre cette durée.

La formation pratique prévue à l'article 13 comporte des fonctions hospitalières et extra-hospitalières.
Les fonctions hospitalières sont effectuées dans les services agréés des centres hospitaliers universitaires et des établissements hospitaliers, y compris les établissements militaires ou privés participant au service public et liés par convention à ces centres, conformément à l'article L. 632-5 du code de l'éducation. L'interne est placé sous l'autorité du responsable médical de la structure auprès de laquelle il est affecté.
Les fonctions extra-hospitalières peuvent être exercées dans des organismes agréés extra-hospitaliers ou dans des laboratoires agréés de recherche. L'interne est, en ce cas, placé sous la responsabilité du directeur de l'organisme ou du laboratoire auprès duquel il est affecté.
Au cours du stage de médecine générale, l'interne est placé sous la responsabilité du maître de stage.
Chaque stage de formation pratique fait l'objet d'une validation dans des conditions fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.

Les stages dans les services agréés pour leur formation sont offerts tous les six mois aux internes, par discipline ou groupe de disciplines, selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
La durée de chaque stage est d'un semestre. Le choix des internes s'effectue par ancienneté de fonctions validées pour un nombre entier de semestres. A ancienneté égale, le choix s'effectue selon le rang de classement dans la discipline ou le groupe de disciplines.
Les internes de psychiatrie peuvent, à leur demande, effectuer un stage de deux semestres spécifiques consécutifs dans le même service d'un centre hospitalier faisant l'objet d'une sectorisation.
Les internes de santé publique peuvent, à la suite d'un seul et même choix, effectuer un stage de deux semestres consécutifs au sein de l'Ecole nationale de la santé publique selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé.
Le choix des stages est organisé dans le cadre de chaque subdivision par le préfet de région.

Les ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la santé fixent, par arrêté, les conditions dans lesquelles les internes peuvent être autorisés :
- à accomplir des stages semestriels dans des services agréés au titre d'une discipline ou d'un groupe de disciplines différent de leur discipline ou groupe de disciplines d'affectation ;
- à accomplir des stages soit dans une subdivision autre que celle dans laquelle ils ont été affectés, soit à l'étranger, soit à l'Ecole nationale de la santé publique.

Les stages extra-hospitaliers font l'objet de conventions passées entre :
- les responsables des organismes ou laboratoires agréés ou les maîtres de stage ;
- le directeur de l'unité de formation et de recherche médicale dont relève l'interne ;
- le directeur du centre hospitalier auquel l'intéressé est administrativement rattaché. Chaque convention fixe les modalités d'organisation du stage ainsi que les conditions de réparation et d'assurances des dommages causés ou subis par l'interne durant celui-ci. La convention désigne le maître de stage.
Les conventions de stages extra-hospitaliers pour le diplôme d'études spécialisées de médecine du travail ne peuvent être conclues qu'après avis du médecin-inspecteur régional du travail et de la main-d'oeuvre.

En application du troisième alinéa de l'article L. 632-2 du code de l'éducation, les internes peuvent demander avant la fin du quatrième semestre d'internat à changer de discipline dans la subdivision dans laquelle ils sont affectés, dans les conditions prévues à l'article 10 du présent décret. Cette possibilité ne peut s'exercer qu'une seule fois, et n'est offerte que dans la mesure où leur rang initial de classement les a situés, dans la discipline pour laquelle ils souhaitent opter, à un rang au moins égal à celui du dernier candidat issu des mêmes épreuves classantes nationales et affecté dans cette discipline au niveau de la subdivision.