L'Agence nationale pour la rénovation urbaine est soumise au régime financier et comptable fixé par les dispositions des articles 151 à 153 et 190 à 225 du décret du 29 décembre 1962 susvisé. Ce régime est précisé en tant que de besoin par le règlement financier et comptable arrêté par le conseil d'administration.
Des régies de recettes et de dépenses peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret du 20 juillet 1992 susvisé.

Les fonds de l'agence sont déposés auprès de l'Etat, de La Poste ou d'un établissement de crédit ayant obtenu un agrément en vertu des dispositions applicables dans les Etats membres de la Communauté européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen.
Les fonds ne peuvent être placés qu'en titres émis ou garantis par les Etats membres de la Communauté européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen, ou en parts et actions d'organismes de placement en valeurs mobilières gérant exclusivement des titres émis ou garantis par les Etats membres de la Communauté européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen, libellés en euros.

Le contrôle économique et financier de l'agence est exercé dans les conditions prévues par le décret du 26 mai 1955 susvisé.
Toutefois, par dérogation à l'article 9 du décret du 26 mai 1955 susvisé, les modalités spéciales d'exercice du contrôle d'Etat sont précisées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la politique de la ville. Ces dispositions ne peuvent cependant soumettre les décisions de l'agence à l'exigence d'un visa préalable du contrôleur d'Etat.