Si le contrôle fait apparaître que les végétaux, produits végétaux et autres objets ne sont pas indemnes d'organismes nuisibles, le passeport phytosanitaire n'est pas délivré et une ou plusieurs des mesures prévues aux articles L. 251-8 et L. 251-14 sont prises immédiatement.
Toutefois, s'il apparaît qu'une partie des végétaux, produits végétaux et autres objets cultivés, produits utilisés par le producteur ou qui sont présents de toute autre manière chez celui-ci, ne présente pas de risque de propagation d'organismes nuisibles, le passeport phytosanitaire est délivré pour la partie saine.

Si les végétaux, produits végétaux ou autres objets sont reconnus contaminés ou susceptibles de l'être, le ministre chargé de l'agriculture utilise les pouvoirs que lui donne l'article L. 251-8.

Lorsque les résultats des contrôles prévus aux articles R. 251-21 et R. 251-22 ne sont pas satisfaisants, les agents chargés de la protection des végétaux peuvent ordonner des mesures de refoulement ou de destruction des végétaux, produits végétaux et autres objets prévues à l'article L. 251-17, ou les mesures prévues à l'article L. 251-8.

Lorsque, dans les conditions fixées au II de l'article L. 251-14 du code rural, la présence d'un organisme nuisible est constatée, les agents visés au I de l'article L. 251-18 du même code peuvent, en fonction de l'organisme nuisible, des végétaux, produits végétaux ou autres objets contaminés et de l'ampleur de la contamination, ordonner :
1° La consignation, dans les conditions prévues à l'article R.* 251-10, du lot de végétaux, produits végétaux ou autres objets contaminés ainsi que des lots de végétaux, produits végétaux ou autres objets susceptibles de l'être ;
2° Des mesures restreignant ou modifiant l'utilisation ou la destination géographique des végétaux, produits végétaux ou autres objets, ainsi que des mesures obligeant leur détenteur à recueillir des observations complémentaires ou à mettre en oeuvre une procédure de suivi de ces végétaux, produits végétaux ou autres objets ;
3° La mise en place d'un programme d'inspection et de prélèvements pour analyse.
Ces agents peuvent également prescrire des traitements effectués avec les produits antiparasitaires à usage agricole, des traitements de désinfection, des traitements physiques ou toute autre opération technique.
Les mesures prononcées ainsi que leur délai de mise en oeuvre sont notifiés par écrit au propriétaire ou détenteur des végétaux, produits végétaux ou autres objets, lequel est mis en demeure de présenter ses observations.

La consignation prévue à l'article R.* 251-9 est notifiée au détenteur des végétaux, produits végétaux ou autres objets. Elle est mise en oeuvre pour une durée initiale de quinze jours, qui peut être prolongée d'une durée équivalente, autant de fois que nécessaire, afin de rechercher l'origine et l'étendue de la contamination.
Les lots déclarés contaminés ou susceptibles de l'être sont isolés selon les modalités prescrites par les agents ayant ordonné la consignation.
Il peut être procédé par ces agents à une levée partielle de la consignation.

Les échantillons de végétaux, produits végétaux ou autres objets, prélevés en application du II de l'article L. 251-19 du code rural, sont placés dans des contenants adaptés à la nature du contenu, empêchant la diffusion de l'organisme nuisible recherché et mis sous scellés. A chaque échantillon est attribué un numéro d'identification.

Pour chaque échantillon prélevé, il est établi une fiche de prélèvement d'échantillon en deux exemplaires. Un exemplaire est conservé par le service dont relève l'agent ayant procédé au prélèvement, l'autre est adressé au laboratoire devant procéder à l'analyse.
La fiche indique la dénomination des végétaux, produits végétaux ou autres objets, le numéro d'identification de l'échantillon et la signature de l'agent qui a procédé au prélèvement.

Les prélèvements d'échantillons font l'objet d'un procès-verbal de prélèvement comportant, outre l'exposé des faits motivant la rédaction de celui-ci, les informations suivantes :
1° Date, heure et lieu du prélèvement ;
2° Identité et importance du lot de végétaux, produits végétaux ou autres objets ;
3° Numéro d'identification de l'échantillon ;
4° Nature et taille de l'échantillon prélevé ;
5° Marques et étiquettes apposées sur les végétaux, produits végétaux ou autres objets ;
6° Nom, prénoms et adresse du détenteur des végétaux, produits végétaux ou autres objets ;
7° Nom, prénoms, qualité et signature de l'agent ayant rédigé le procès-verbal.
Le détenteur des lots et objets peut faire insérer toutes les observations qu'il juge utiles dans le procès-verbal, qu'il est invité à signer. S'il est absent ou refuse de signer, mention en est faite dans le procès-verbal.

Les résultats de l'analyse des échantillons sont adressés à la direction régionale de l'agriculture et de la forêt, ou, dans les départements d'outre-mer, à la direction de l'agriculture et de la forêt, dont relève l'agent qui a procédé au prélèvement.
Le directeur régional ou le directeur de l'agriculture et de la forêt communique ces résultats au détenteur des végétaux, produits végétaux ou autres objets qui ont fait l'objet du prélèvement.