Le programme d'action est arrêté par le préfet après avoir consulté le conseil général, le conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques, la chambre départementale d'agriculture, l'agence de l'eau et, s'il y a lieu, le comité technique de l'eau, qui disposent chacun de deux mois pour faire connaître leur avis. A l'issue de ce délai, les consultations sont réputées effectives.
Le programme d'action est réexaminé et, le cas échéant, révisé, tous les quatre ans au moins, à l'initiative du préfet et selon les mêmes formes.
Dans les cas de situations exceptionnelles, tels les grands accidents climatiques, le préfet peut déroger temporairement à certaines mesures du programme d'action, après avoir pris l'avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques.