La comptabilité de tout opérateur qui assure des missions de service public faisant l'objet d'une compensation par le fonds est contrôlée, aux frais de l'opérateur, par un organisme indépendant agréé par la Commission de régulation de l'électricité.
Les fonctionnaires et agents habilités en application de l'article 33 de la loi du 10 février 2000 susvisée ont accès, dans les conditions fixées à cet article et à l'article 27 de cette même loi, à toutes les informations utiles, quel qu'en soit le support, et notamment à la comptabilité des contributeurs, ainsi qu'aux comptages de l'électricité injectée ou soutirée sur les réseaux publics de transport et de distribution d'électricité et détenus par les gestionnaires de ces réseaux.