La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion effectuée selon les règles du droit privé, à l'exception des deux hypothèses suivantes :

lorsque la convention constitutive prévoit des dispositions particulières ;

lorsque des personnes publiques ou morales de droit public ou gérant un service public détiennent les trois quarts des droits ou apportent les trois quarts des financements du groupement.

Dans la dernière hypothèse ci-dessus, les dispositions du décret du 29 décembre 1962 susvisé relatives aux établissements publics à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable sont applicables. Dans ce cas, l'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé du budget.