Après concertation avec le ou les conseils régionaux et avec les organisations professionnelles intéressés, un programme d'adaptation des capacités de capture de la flotte de pêche professionnelle maritime aux ressources halieutiques disponibles est fixé par décret. Celui-ci précise, par région ou par groupe de régions d'une même façade maritime et éventuellement par type de pêche, les objectifs à atteindre.

La mise en exploitation des navires est soumise à une autorisation préalable dite permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle qui précise, s'il y a lieu, les zones d'exploitation autorisées. Les conditions d'attribution des permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle, qui en aucun cas ne seront cessibles, sont fixées par décret en Conseil d'Etat. Ce décret détermine, en fonction des objectifs prévus au premier alinéa et de la situation effective des capacités de capture de la flotte, les critères de délivrance des permis qui peuvent tenir compte des réductions de capacité réalisées par les demandeurs. Il peut aussi prévoir des exemptions pour les navires dont l'exploitation n'a pas d'effet notable sur les ressources halieutiques. Le décret détermine également la procédure d'examen des demandes qui doit comporter, notamment, la consultation des professionnels de la pêche.

Le permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle est exigé pour tout navire de pêche professionnelle maritime avant la construction, l'importation, l'armement à la pêche, la modification de capacité de capture ou le réarmement à l'issue d'une période d'inactivité d'au moins six mois.

La délivrance du rôle d'équipage est subordonnée à la présentation d'un permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle lorsque celui-ci est exigible. Il est procédé au retrait du rôle d'équipage dans le cas d'une modification de capacité de capture du navire faite sans qu'ait été obtenu le permis de mise en exploitation des navires de pêche professionnelle correspondant.