Sont classées dans le territoire du parc naturel régional du haut Jura, jusqu'au 17 août 2008, les communes d'Avignon-lès-Saint-Claude, Charchilla, Coyron, Larrivoire, Meussia, Prémanon, Viry dans le département du Jura, les communes de Mouthe et de Rondefontaine dans le département du Doubs.