Le siège de la direction de la sécurité de l'aviation civile Sud-Est est constitué par :
― le département « gestion des ressources » (DSAC-SE/GR) ;
― le département « surveillance et régulation » (DSAC-SE/SR).
Sont placés auprès du directeur :
― un adjoint (DSAC-SE/DA) ;
― le cabinet (DSAC-SE/CAB) ;
― le responsable de la qualité, du pilotage de la performance par objectifs et du programme de sécurité de l'Etat (DSAC-SE/QPS) ;
― le coordonnateur Provence (en double résidence administrative Aix-en-Provence et Marignane).

Le département « gestion des ressources » de la DSAC-SE (DSAC-SE/GR) est constitué par :
La subdivision « ressources humaines » (GR/RH) qui est chargée :
― de la gestion administrative individuelle et collective des personnels ;
― de la mise en œuvre des organismes régionaux de concertation et du dialogue social ;
― de la mise en œuvre et du suivi de la politique d'archivage ;
― de l'instruction des demandes de commissionnement et assermentation ;
― du suivi des actions de médecine préventive et de médecine à normes ;
― du traitement des retraites, rentes, accidents du travail et accidents de service et des honoraires médicaux.
La subdivision « finances » (GR/FIN) qui est chargée :
― de la préparation et de l'exécution des budgets en dépenses et en recettes ;
― de l'élaboration des éléments nécessaires à l'exercice du contrôle de gestion ;
― de la comptabilité budgétaire, analytique et patrimoniale ;
― de gérer les immobilisations ;
― de participer à la facturation des redevances de certification et de surveillance ;
― de l'entraînement aérien ;
― d'assurer le fonctionnement de la régie d'avances et recettes du siège.
La subdivision « logistique » (GR/LOG) qui est chargée :
― de la gestion du parc automobile ;
― de la réalisation des travaux d'entretien des locaux du siège de la DSAC-SE ;
― de la gestion des moyens de fonctionnement du siège de la DSAC-SE.
La division « informatique » (GR/INF) qui est chargée :
― de l'élaboration du plan informatique et bureautique de la DSAC-SE et d'assurer à ce titre le secrétariat du comité informatique et bureautique (CIB) ;
― de l'administration régionale des réseaux nationaux et des applications de la DGAC ;
― de l'installation et de la maintenance des moyens techniques nécessaires au fonctionnement de la bureautique et de l'informatique de gestion du siège de la DSAC-SE ;
― du suivi de l'adéquation permanente des moyens aux besoins des services.
Le département « gestion des ressources » comporte, outre la responsable de la formation, la responsable des marchés et de l'achat public, l'expert juridique et le chargé de missions, les services mutualisés suivants : le service médical, les assistants du service social (GR/ASS), le correspondant social régional (GR/CSR), le conseiller sécurité et conditions de travail (GR/SCT) et la mission affaires immobilières.

Le département « surveillance et régulation » de la DSAC-SE (DSAC-SE/SR) comprend quatre divisions qui s'apportent leur expertise mutuelle :
La division « aéroports et navigation aérienne » (SR/ANA) qui comprend :
― la subdivision « certification et homologation » (ANA/CH) qui est chargée :
― d'assurer ou de participer à la certification des exploitants d'aérodromes et à la surveillance des aérodromes et des installations à usage aéronautique et d'en assurer le suivi ;
― d'assurer ou de participer à l'homologation des pistes d'aérodromes et d'en assurer le suivi ;
― de la tenue à jour et de l'exploitation de la base de données ECCAIRS dans le domaine des exploitants d'aérodromes et des assistants en escale ;
― la subdivision « surveillance navigation aérienne » (ANA/NA) qui est chargée :
― d'assurer ou de participer à la certification et à la surveillance des prestataires de service de navigation aérienne ;
― de la délivrance des qualifications des agents AFIS et de la surveillance des services d'information de vol d'aérodrome (AFIS).
Dans son domaine, la division est chargée de l'organisation et du suivi des actions relatives au programme de sécurité de l'Etat.
Elle est également chargée de la surveillance de l'application de la réglementation de sécurité relative à la prévention du péril animalier et au sauvetage et à la lutte contre l'incendie des aéronefs.
La division « opérations aériennes » (SR/OPA), elle-même composée de :
― la subdivision « transport aérien » (OPA/TA) qui est chargée :
― d'assurer ou de participer à l'instruction des dossiers et à la délivrance et au maintien des certificats de transporteur aérien et des autorisations associées, à la surveillance et au suivi de l'activité des entreprises de transport aérien ;
― du suivi et du contrôle technique des compagnies ;
― la subdivision « contrôle technique d'exploitation et études opérationnelles » (OPA/CT) qui est chargée :
― du contrôle technique d'exploitation des aéronefs ;
― des autorisations particulières et études de performances liées à l'exploitation des aéronefs et à l'utilisation des aérodromes ;
― des certifications des exploitants d'hélicoptères selon les règles du document « OPS 3R » ;
― de la tenue à jour et de l'exploitation de la base de données ECCAIRS dans le domaine des exploitants d'aéronefs ;
― de l'instruction des dossiers d'infraction aux règles d'exploitation des aéronefs ;
― la subdivision « aviation générale et travail aérien » (OPA/AGTA) qui est chargée :
― de la délivrance des agréments et du suivi des écoles de formation au pilotage ;
― de la désignation et du suivi des examinateurs ;
― de la délivrance des agréments des organismes d'entretien ;
― de l'organisation et la gestion des examens théoriques et pratiques aéronautiques ;
― de la tutelle technique de l'aviation générale et du travail aérien ;
― de la délivrance des cartes d'identification des ULM ;
― de l'instruction des dossiers d'infraction des personnels navigants et du fonctionnement de la commission de discipline des personnels navigants non professionnels.
La division assure également le suivi des missions confiées par les textes aux pilotes inspecteurs. Dans son domaine, elle organise et suit les actions relatives au programme de sécurité de l'Etat.
La division « sûreté » (SR/SUR) qui est chargée :
― d'animer et de mettre en œuvre la politique de contrôle en matière de sûreté ;
― de l'organisation du contrôle de l'application de la réglementation des mesures de sûreté ;
― de l'organisation ou de la participation à des audits de sûreté nationaux et internationaux et des inspections ;
― de participer ou d'assurer l'instruction, le suivi et la délivrance des agréments de sûreté ;
― du suivi du dispositif de la taxe d'aéroport ;
― de veiller au suivi des actions correctives consécutives aux audits ou inspections ;
― du traitement des affaires relatives à la défense et à la sécurité civile.
La division « régulation et développement durable » (SR/RDD), elle-même composée de :
― la subdivision « régulation et études transport aérien » (RDD/RET) qui est chargée :
― de la participation aux études économiques générales, du suivi général de l'activité et de l'évolution du transport aérien ;
― des questions d'infrastructures de transport, d'intermodalité et d'aménagement du territoire ;
― des questions relatives aux aides d'Etat ;
― de la délivrance et du maintien des licences d'exploitation de transporteur aérien préfectorales ;
― de la préparation, du suivi et du procès-verbal d'exploitation des liaisons aériennes comportant des obligations de service public ;
― des questions de coordination et de régulation du trafic aéroportuaire ;
― des questions relatives aux droits du passager ;
― la subdivision « régulation économique aéroportuaire » (RDD/RA) qui est chargée :
― des questions relatives au statut et à la gestion des aérodromes, du contrôle juridique des exploitants aéroportuaires ;
― des commissions consultatives économiques et des questions liées aux redevances aéroportuaires ;
― des questions foncières concernant les aérodromes et les installations aéronautiques ;
― du suivi et des suites de la décentralisation et du transfert des aérodromes corses ;
― de l'élaboration et du suivi des conventions prises en application de l'article L. 221 du code de l'aviation civile ;
― du suivi économique et financier des aéroports de l'Etat, en appui à la direction du transport aérien ;
― de la coordination des équipes spécialisées des bases aériennes avec les exploitants d'aérodromes ;
― la subdivision « régulation navigation aérienne » (RDD/RNA) qui est chargée :
― de l'instruction et de la délivrance des dérogations aux règles de survol ;
― de l'instruction des dossiers relatifs aux obstacles ;
― de l'instruction des dossiers d'infraction aux règles de la circulation aérienne ;
― de l'organisation et du suivi de la concertation sur l'utilisation de l'espace aérien ;
― la subdivision « planification et développement durable » (RDD/ DD) qui est chargée :
― de l'élaboration et du suivi des dossiers de planification et d'aménagement d'aérodromes, notamment ceux liés à la protection de l'environnement ;
― de la surveillance et du suivi des dossiers de servitudes aéronautiques de dégagement et radioélectriques ;
― du suivi des dossiers de création d'aérodromes et autres emplacements utilisés par des aéronefs ;
― du suivi de la situation administrative des aérodromes ;
― de l'élaboration et du suivi des dossiers de restrictions d'exploitation d'aérodrome et de l'instruction des dossiers d'infraction correspondants ;
― de la coordination des dossiers liés à l'environnement pour l'ensemble de la DSAC-SE.
La division assure également, pour le compte de la division « opérations aériennes » (SR/OPA) et de la subdivision « finances » (GR/FIN), la mission de collecte, de validation et de suivi des données relatives aux redevances d'organismes ainsi que le rôle d'interlocuteur des organismes redevables.
Le département « surveillance et régulation » apporte son expertise en tant que de besoin aux délégations et aux entités placées sous l'autorité du coordonnateur Provence.
Le département « surveillance et régulation » comporte en outre un chargé de mission et la mission insertion aviation légère.

Sous l'autorité du directeur :
― le cabinet est chargé d'assister le directeur dans l'organisation et la coordination de l'activité des organes et des services de la direction. Il assure le traitement des questions réservées et de la chancellerie. Il est chargé de la gestion des actions de communication et de l'animation du réseau de permanence de direction. Il est chargé en outre de mettre en œuvre la politique de sécurité des systèmes d'information et du suivi de l'attribution des logements de service ;
― le responsable de la qualité, du pilotage de la performance par objectifs et du programme de sécurité de l'Etat est chargé de la démarche qualité, de la coordination du pilotage par objectifs et de la coordination des actions relatives au programme de sécurité de l'Etat.