L'habilitation peut être retirée par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche lorsque le service habilité ne remplit plus l'une des conditions au vu desquelles il a été habilité, ainsi qu'en cas de non-respect des obligations prévues par la présente section ou de manquements graves ou répétés dans l'exécution des opérations archéologiques ou de mises en demeure prononcées en application de l'article R. 523-61 et demeurées infructueuses. Elle peut être retirée à la suite d'une décision de suspension d'habilitation prise sur le fondement de l'article R. 522-20 si les motifs qui ont fondé cette décision perdurent.

Le retrait peut porter sur la totalité de l'habilitation ou sur une partie des périodes ou domaines.

Le ministre chargé de la culture notifie au titulaire les raisons pour lesquelles il est envisagé de retirer l'habilitation et lui impartit un délai, qui ne peut être inférieur à un mois, pour présenter ses observations écrites, qui sont portées à la connaissance du Conseil national de la recherche archéologique, consulté préalablement à la décision de retrait. L'arrêté de retrait est notifié au demandeur et publié au Journal officiel de la République française.