Dès sa formation ou son renouvellement, le conseil d'administration se réunit sur la convocation et sous la présidence du préfet ou du suppléant qu'il désigne à titre permanent assisté du directeur du port, cette convocation étant adressée aux membres du conseil d'administration au moins dix jours ouvrables avant la date prévue.

Dès la première réunion du conseil, il est procédé à l'élection du bureau composé du président, du vice-président et du secrétaire choisis parmi les membres du conseil. Les candidats aux fonctions de membres du bureau doivent, au moins trois jours ouvrables avant la séance du conseil au cours de laquelle il doit être procédé à l'élection du bureau, se faire connaître auprès du commissaire du Gouvernement et lui transmettre la déclaration mentionnée à l'article R. 5313-18. Faute pour les candidats d'avoir observé ces formalités, leur candidature est irrecevable. Préalablement au vote, le commissaire du Gouvernement informe le conseil d'administration de ce qu'un candidat, s'il venait à être élu, lui paraîtrait susceptible de s'exposer, dans ses fonctions de membre du bureau, à l'application des dispositions de l'article 432-12 du code pénal.

Le mandat des membres du bureau prend fin en même temps que celui des administrateurs nommés par décret. Sauf application aux fonctions de président des règles relatives à la limite d'âge, le mandat de ces membres expire avec leur mandat de membre du conseil. Les membres sortants du bureau sont rééligibles à celui-ci.

Le conseil d'administration peut adjoindre au secrétaire des secrétaires auxiliaires pris dans le personnel du port autonome qui assistent aux séances sans prendre part aux délibérations.