Le rapporteur mène l'instruction à charge et à décharge. Il a qualité pour procéder à toutes enquêtes et investigations utiles auprès de toutes administrations, se faire communiquer tous documents, même secrets, entendre ou questionner oralement ou par écrit tous témoins et toutes personnes dont la responsabilité paraîtrait engagée.

Le rapporteur peut se faire assister par des personnes qualifiées.

Les personnes à l'égard desquelles ont été, en cours d'instruction, relevés des faits de nature à donner lieu à renvoi devant la Cour en sont avisées, à la diligence du ministère public, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, précisant qu'elles sont autorisées à se faire assister, dans la suite de la procédure, par un conseil de leur choix.

Pendant l'instruction, les personnes ainsi mises en cause ont accès au dossier de l'affaire et sont informées des pièces nouvelles qui y sont versées. Elles peuvent produire des documents et présenter des observations écrites. A leur demande, elles sont entendues par le rapporteur.

Si l'instance est poursuivie, le dossier est communiqué simultanément au ministre ou à l'autorité dont dépend ou dépendait le fonctionnaire ou l'agent mis en cause, au ministre chargé des finances ainsi que, le cas échéant, au ministre de tutelle compétent. Ceux-ci doivent donner leur avis dans un délai fixé par le président de la Cour et qui ne peut être inférieur à un mois ; si les ministres n'ont pas émis un avis à l'expiration de ce délai, la procédure pourra néanmoins être poursuivie.