Au vu du réquisitoire, le président de la Cour désigne un ou plusieurs rapporteurs chargés de l'instruction . Cette instruction peut être ouverte contre une personne non dénommée.

Le rapporteur a qualité pour procéder à toutes enquêtes et investigations utiles auprès de toutes administrations, se faire communiquer tous documents, même secrets, entendre ou questionner oralement ou par écrit tous témoins et toutes personnes dont la responsabilité paraîtrait engagée.

A la demande du rapporteur, des enquêtes peuvent être faites par des fonctionnaires appartenant à des corps ou services de contrôle ou d'inspection désignés par le ministre dont relèvent ces corps ou services.

Les personnes à l'égard desquelles auront été relevés des faits de nature à donner lieu à renvoi devant la Cour en sont avisées, à la diligence du ministère public, par lettre recommandée avec demande d'avis de réception, précisant qu'elles sont autorisées à se faire assister, dans la suite de la procédure, par un conseil de leur choix.

Le procureur général suit le déroulement de l'instruction dont il est tenu informé par le rapporteur.

Lorsque l'instruction est terminée, le dossier est soumis au procureur général, qui peut décider le classement de l'affaire s'il estime qu'il n'y a pas lieu à poursuites.