Le commissariat général aux transports est dirigé soit par un haut fonctionnaire du ministère chargé des transports, soit par un officier général, qui, nommé par décret pris en conseil des ministres, prend le titre de commissaire général aux transports et est placé sous l'autorité directe du ministre chargé des transports.

Le commissaire général est secondé par un commissaire général adjoint qui, nommé par décret, est choisi parmi les officiers généraux si le commissaire général est un haut fonctionnaire du ministère chargé des transports, parmi les hauts fonctionnaires de ce ministère si le commissaire général est un officier général. La nomination des officiers généraux prévue au présent article intervient sur proposition conjointe du ministre chargé des transports et du ministre de la défense.