Dans le domaine de la sécurité civile, le préfet de zone prépare et met en oeuvre l'ensemble des mesures de prévention, de protection et de secours qu'exige la sauvegarde des personnes, des biens et de l'environnement dans le cadre de la zone. Il élabore et arrête le plan ORSEC de zone et les autres plans dont le déclenchement relève de son autorité. Il coordonne l'élaboration des plans départementaux et s'assure de leur exécution.

Il fait appel aux moyens publics et privés à l'échelon de la zone et les réquisitionne en tant que de besoin.