Par dérogation à l'article 188 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, l'Institut des hautes études de la défense nationale peut constituer un groupement comptable avec l'Institut national des hautes études de la sécurité et de la justice dans les conditions prévues à l'article R. 123-31-1 du code de la sécurité intérieure.

Le contrôle financier est exercé dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté conjoint du Premier ministre et du ministre chargé du budget.