L'agence se conforme, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage dans les sociétés industrielles et commerciales.

A la fin de chaque année, le directeur général établit et présente à l'approbation du conseil d'administration le bilan et le compte de résultat de l'établissement.

L'agence est soumise au contrôle de deux commissaires aux comptes désignés par le président de la cour d'appel dans le ressort de laquelle se trouve le siège de l'établissement.