L'Office français de la biodiversité anime le réseau des aires marines protégées françaises et contribue à la participation de la France à la constitution et à la gestion des aires marines protégées décidées au niveau international.

A cette fin, il peut se voir confier, après accord de son conseil d'administration, sur proposition du ministre chargé de l'environnement, la gestion directe d'aires marines protégées. Il apporte son appui technique, administratif et scientifique aux autres gestionnaires d'aires marines protégées et suscite des projets d'aires marines protégées afin de constituer un réseau cohérent.

Entrent dans le champ de compétence de l'office, outre les catégories d'aires marines protégées énumérées à l'article L. 334-1, les catégories d'espaces marins dont la protection, la restauration et la gestion durable requièrent des mesures réglementaires ou contractuelles ou un programme d'actions, lorsqu'elles ont fait l'objet d'une décision du ministre chargé de l'environnement, prise après avis du conseil d'administration de l'office et du conseil national de la protection de la nature.