Dans les collectivités de Guadeloupe, Guyane, La Réunion, Martinique, Mayotte, Saint-Barthélemy, Saint-Martin, Polynésie française, Wallis-et-Futuna, en Nouvelle-Calédonie et dans les Terres australes et antarctiques françaises, un comité local de l'initiative française pour les récifs coralliens est créé par le représentant de l'Etat qui en désigne également les membres par arrêté.

Ce comité est coprésidé par le représentant de l'Etat ou la personne qu'il aura désignée à cet effet et par un représentant du ou des exécutifs locaux, à chaque fois que possible. Les coprésidents assurent conjointement l'animation du comité local, le suivi de ses actions. Ils désignent conjointement le représentant du comité local au sein du Comité national. En cas de désaccord, le représentant de l'Etat procède d'office à cette désignation.

Sous réserve des compétences dévolues aux collectivités et de leur accord, les comités locaux ont pour missions :

1° De rassembler et animer le réseau d'acteurs locaux ;

2° D'élaborer, adopter et mettre en œuvre un plan local d'actions ;

3° De participer aux réunions du Comité national de l'initiative française pour les récifs coralliens ;

4° De porter les enjeux de protection des récifs coralliens et écosystèmes associés dans les autres instances et commissions locales et régionales.