Des mesures de protection physiques et logiques sont prises pour assurer la sécurité du traitement des données, empêcher toute utilisation détournée ou frauduleuse, notamment par des tiers non autorisés, et préserver leur intégrité.

L'accès au traitement des données n'est ouvert qu'aux agents nommément désignés et pour les seules opérations auxquelles ils sont habilités. Les accès individuels à l'application s'effectuent par un dispositif sécurisé dans le respect des référentiels prévus à l'article L. 1110-4-1 du code de la santé publique..

Un dispositif approprié limite les connexions à distance aux seuls postes de travail des agents des administrations ou des organismes mentionnés à l'article R. 146-42 habilités à accéder au système d'information.

Un enregistrement quotidien des connexions est réalisé. Il est conservé pendant une période de trois mois.