L'Agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les conditions prévues au premier alinéa de l'article 189 du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique sur proposition du directeur général et sur avis conforme de l'agent comptable.

Le régime financier et comptable défini par le décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et par le décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique est applicable à l'agence.

L'agence est soumise au contrôle financier prévu par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté conjoint des ministres de tutelle et du ministre chargé du budget.

Des agents comptables secondaires peuvent être nommés dans les mêmes conditions sur proposition du directeur général et sur avis conforme de l'agent comptable.