Si les conditions légales d'une citation directe devant la juridiction des forces armées ne sont pas réunies, ou si le commissaire du Gouvernement estime que l'affaire n'est pas en état d'être jugée, il transmet immédiatement toutes les pièces, avec ses réquisitions, au juge d'instruction.

Les dossiers et commissions rogatoires sont reçus par le juge d'instruction, à charge pour lui d'en assurer la répartition entre les magistrats chargés de l'instruction.

Le juge d'instruction de la juridiction des forces armées peut exécuter, selon les règles du présent code, les commissions rogatoires de toute nature concernant les militaires ou membres des forces armées ou des personnes à la suite des armées en vertu d'une autorisation.

Le juge d'instruction ne peut informer qu'en vertu du réquisitoire du commissaire du Gouvernement prévu à l'article L. 212-23, même s'il a procédé en cas de crime ou de délit flagrant.

Le réquisitoire peut être pris contre personne dénommée ou non dénommée.

S'il résulte de l'instruction que la personne mise en examen ou tout autre justiciable de la juridiction des forces armées peut être poursuivi pour des faits autres que ceux visés dans l'ordre de poursuite, le juge d'instruction militaire les dénonce par l'intermédiaire du commissaire du Gouvernement à l'autorité militaire qui exerce les pouvoirs judiciaires ; celle-ci apprécie s'il y a lieu de donner, à raison de ces faits, un nouvel ordre de poursuite.

Le juge d'instruction a le pouvoir, sur réquisitions ou après avis du commissaire du Gouvernement, de mettre en examen tout justiciable des juridictions des forces armées ayant pris part comme auteur ou complice aux faits qui lui sont déférés, ou de modifier la mise en examen lorsque ces faits doivent recevoir une qualification nouvelle emportant une peine plus grave.

Au cas de désaccord entre le juge d'instruction et le commissaire du Gouvernement, ce dernier est tenu de saisir par requête la chambre de l'instruction, qui statue conformément aux dispositions des articles L. 212-177 à L. 212-191, dans le délai de cinq jours, sauf si elle ordonne un supplément d'instruction.

Dans son réquisitoire introductif, et à toute époque de l'information par réquisitoire supplétif, le commissaire du Gouvernement peut requérir du magistrat instructeur tous actes lui paraissant utiles à la manifestation de la vérité et toutes mesures de sûreté nécessaires.

Il peut, à cette fin, se faire communiquer la procédure, à charge de la rendre dans les vingt-quatre heures.

Si le juge d'instruction ne suit pas les réquisitions du commissaire du Gouvernement, il doit rendre une ordonnance motivée dans les cinq jours de ces réquisitions.

Le juge d'instruction procède, conformément à la loi, à tous les actes d'information qu'il juge utiles à la manifestation de la vérité.

Il est établi une copie de ces actes ainsi que de toutes les pièces de la procédure ; chaque copie est certifiée conforme par le greffier ou l'officier de police judiciaire commis mentionné au quatrième alinéa. Toutes les pièces du dossier sont cotées par le greffier au fur et à mesure de leur rédaction ou de leur réception par le juge d'instruction.

Toutefois, si les copies peuvent être établies à l'aide de procédés photographiques ou similaires, elles sont exécutées à l'occasion de la transmission du dossier. Il en est alors établi autant d'exemplaires qu'il est nécessaire à l'administration de la justice. Le greffier certifie la conformité du dossier reproduit avec le dossier original. Si le dessaisissement momentané a pour cause l'exercice d'une voie de recours, l'établissement des copies doit être effectué immédiatement pour qu'en aucun cas ne soit retardée la mise en état de l'affaire prévue à l'article L. 212-179.

Si le juge d'instruction est dans l'impossibilité de procéder lui-même à tous les actes d'instruction il peut donner commission rogatoire aux officiers de police judiciaire afin de leur faire exécuter tous les actes d'information nécessaires dans les conditions et sous les réserves prévues aux articles L. 212-54 et L. 212-55.

Le juge d'instruction doit vérifier les éléments d'information ainsi recueillis.

Le juge d'instruction procède ou fait procéder, soit par des officiers de police judiciaire, conformément aux dispositions du quatrième alinéa, soit par toute personne habilitée dans des conditions déterminées par décret en Conseil d'Etat, à une enquête sur la personnalité des personnes mises en examen, ainsi que sur leur situation matérielle, familiale ou sociale. Toutefois, en matière de délit, cette enquête est facultative.

Le juge d'instruction peut également commettre, suivant les cas, le service pénitentiaire d'insertion et de probation, le service compétent de la protection judiciaire de la jeunesse, ou toute personne habilitée en application du sixième alinéa à l'effet de vérifier la situation matérielle, familiale et sociale d'une personne mise en examen et de l'informer sur les mesures propres à favoriser l'insertion sociale de l'intéressée. A moins qu'elles n'aient été déjà prescrites par le ministère public, ces diligences doivent être prescrites par le juge d'instruction chaque fois qu'il envisage de placer en détention provisoire un majeur âgé de moins de vingt et un ans au moment de la commission de l'infraction lorsque la peine encourue n'excède pas cinq ans d'emprisonnement.

Le juge d'instruction peut prescrire un examen médical, confier à un médecin le soin de procéder à un examen médico-psychologique ou ordonner toutes mesures utiles. Si ces examens sont demandés par la personne mise en examen ou son conseil, il ne peut les refuser que par ordonnance motivée.